Dans le cadre de la pollution causée par le MSC Napoli, Vigipol a engagé des poursuites pénales. Le 27 novembre 2009, le juge d'instruction du TGI de Paris a rendu une ordonnance de non-lieu. Dans cette affaire, il y a deux volets distincts:

• la procédure amiable avec l’armateur et devant la Haute Cour de Londres qui a permis aux communes victimes de la pollution d’être remboursées des frais de nettoyage engagés
• la procédure pénale engagée devant le Tribunal de Paris par le dépôt d’une plainte de Vigipol et du Conseil général des Côtes d’Armor.

Joël LE JEUNE a été entendu le 17 avril 2009 par le juge d’instruction, Pascal GAND qui a bouclé son instruction le 11 mai 2009. Le dossier a ensuite été transmis au procureur de la République qui a, le 21 septembre 2009, requis le non-lieu dans cette affaire. Le juge d'instruction a suivi les réquisitions du Parquet et a rendu une ordonnance de non-lieu le 27 novembre 2009 en ce qui concerne les faits de pollution consécutive à un accident de mer.
Toutefois, s'il en était décidé ainsi par le comité syndical, Vigipol peut encore porter l’affaire devant le juge civil.